• Thân phụ: Hưng Hiến vương Chu Hữu Nguyên, sau truy tôn làm Duệ Tông Hiến Hoàng đế (睿宗獻皇帝).
• Thân mẫu: Từ Hiếu Hiến Hoàng hậu Tưởng thị (慈孝獻皇后, ? - 1538), người Đại Hưng, con gái của Trung binh mã Chỉ huy sứ Ngọc Điền bá Tưởng Ninh (蔣斅), chính thất của Hưng vương.Sau khi Gia Tĩnh Đế kế vị, tấn tôn Hưng Quốc Hoàng thái hậu (興國皇太后).
• Hoàng hậu:

1. Hiếu Khiết Túc Hoàng hậu Trần thị (孝洁肃皇后陈氏, 1508 - 1528), người Nguyên Thành, con gái của Tú tài Trần Vạn Ngôn (陳萬言). Tư sắc mỹ lệ, nhưng bị sẩy thai liên tục khiến Gia Tĩnh Đế ghét bỏ, có ý phế đi, nhưng quần thần can ngăn. Sau khi qua đời, sơ thụy Điệu Linh hoàng hậu (悼灵皇后), táng ở chỗ của Hoàng quý phi. Về sau Minh Mục Tông đã an táng lại Trần hoàng hậu theo đúng lễ nghi, cải thụy thành Hiếu Khiết (孝洁).
2. Phế Hoàng hậu Trương thị (廢后張氏, ? - 1537), nhập cung cùng với Trần hoàng hậu và Cung phi Văn thị, lập làm Thuận phi (顺妃). Sau khi Trần Hoàng hậu băng được 3 tháng, được lập làm Hoàng hậu, đến năm 1534 thì bị phế. Có thuyết vì Trương hoàng hậu nói giúp em trai của Hiếu Thành Kính Hoàng hậu, khiến Gia Tĩnh Đế đại nộ.
3. Hiếu Liệt Hoàng hậu Phương thị (孝烈圣皇后方氏, 1516 - 1547), người Giang Ninh, cha là Phương Thái (方泰). Năm 1531, Phương thị cùng 8 người nữa nhập cung, sách phong Đức tần (德嫔), đứng đầu Cửu tần. Sau khi Trương hoàng hậu bị phế, bà được lập làm Kế hoàng hậu, ra mắt tông miếu yết lễ.
4. Hiếu Khác Hoàng hậu Đỗ thị (孝恪皇后杜氏, 1510 - 1554), nhập cung làm Khang tần (康嫔), sau phong Khang phi (康妃). Khi mất, truy phong Vinh Thục Khang phi (荣淑康妃). Sinh mẫu của Minh Mục Tông. Mục Tông kế vị truy phong làm Hiếu Khác Hoàng hậu.

• Phi tần:

1. Trang Thuận Hoàng quý phi Thẩm thị (莊順皇貴妃沈氏, 1520 - 1581), nhập cung năm 1531, sách phong Hy tần (僖嫔). Năm 1534, được tấn phong làm Thần phi (宸妃), rồi Quý phi (贵妃). Năm 1540, cùng Vương Quý phi đồng tấn thăng làm Hoàng quý phi. Năm 1542, Đoan phi Tào thị bị xử lăng trì, bà nhận nuôi con gái của Đoan phi là Ninh An Công chúa đến khi Công chúa xuất giá. Qua đời thọ 60 tuổi, thụy đầy đủ là Trang Thuận An Vinh Trinh Tĩnh Hoàng quý phi (庄顺安荣贞静皇貴妃).
2. Vinh An Hoàng quý phi Diêm thị (榮安皇貴妃阎氏, ? - 1541), người Sơn Tây. Nhập cung năm 1531, Diêm thị được phong Lệ tần (丽嫔). Năm 1534, tấn phong Lệ phi (丽妃), vài năm sau tấn phong Quý phi (贵妃), khi chết truy tặng Hoàng quý phi. Sinh ra Ai Trùng Thái tử.
3. Đoan Hòa Hoàng quý phi Vương thị (端和皇貴妃王氏, ? - 1553), nhập cung năm 1531, sách phong Trang tần (莊嫔). Năm 1536, sách phong Chiêu phi (昭妃). Năm 1540, cùng Thẩm thị sách phong Hoàng quý phi. Bà sinh ra Trang Kính Thái tử.
4. Cung Hi Trinh Tĩnh Quý phi Văn thị (恭僖貞靖貴妃文氏), cung nữ của Tưởng Thái hậu. Sau khi Thái hậu qua đời, Gia Tĩnh Đế lập làm Kính phi (敬妃), sau tấn phong Quý phi (貴妃). Sau khi mất, táng ở Điệu lăng.
5. Vinh An Quý phi Mã thị (榮安貴妃馬氏).
6. Quý phi Chu thị (貴妃周氏).
7. Điệu Ẩn Cung phi Văn thị (悼隱恭妃文氏, ? - 1532), cha là Văn Vinh (文荣), do Văn thị đắc sủng nên được thăng làm Tứ phẩm Cẩm y vệ Đới bổng Chỉ huy thiêm sự, mẹ là Quách thị. Năm 1522, nhập cung cùng Hiếu Khiết Túc Hoàng hậu Trần thị và Thế Tông Trương Hoàng hậu, sách phong Cung phi (恭妃). Sau vì có tội mà bị giam trong cung, qua đời khi hơn 20 tuổi, bị đưa tang theo lễ Tần vị. Không có con.
8. Hoài Vinh Hiền phi Trịnh thị (懷榮賢妃鄭氏, ? - 1536), nhập cung làm Hiền tần (贤嫔). Mất sớm, truy phong Hiền phi.
9. Vinh Chiêu Đức phi Trương thị (榮昭德妃張氏).
10. Đoan Tĩnh Cung Huệ Thục phi Trương thị (端靜恭惠淑妃張氏).
11. Cung Thục An Hy Vinh phi Dương thị (恭淑安僖荣妃楊氏, ? - 1566), vốn là cung nữ, về sau bị chết trong đám cháy, được Gia Tĩnh truy phong làm Vinh phi.
12. Cung Hy Lệ phi Vương thị (恭僖麗妃王氏, ? - 1553).
13. Đoan Huệ Vĩnh phi Từ thị (端惠永妃徐氏).
14. Tào Đoan phi (曹端妃, ? - 1542), tư sắc diễm lệ, vốn là sủng phi của Minh Thế Tông, về sau bị Phương Hoàng hậu tuyên xử lăng trì do thông đồng trong vụ Nhâm Dần cung biến (壬寅宮變). Sinh ra Thường An Công chúa và Ninh An Công chúa.
15. Lư Tĩnh phi (盧靖妃. ? - 1588), xuất thân bình dân. Lư thị nhập cung năm 1531, sách phong Hòa tần (和嫔), sau phong Tĩnh phi. Sinh ra Tứ hoàng tử Cảnh Cung vương Chu Tái Quyến.
16. Giang Túc phi (江肅妃), cha là Cẩm y vệ Đô chỉ huy thiêm sự Giang Dương (江洋). Sơ phong Cung tần (恭嫔). Bà sinh ra Ngũ hoàng tử Dĩnh Thương vương Chu Tái Lữ.
17. Triệu Ý phi (趙懿妃, ? - 1569).
18. Triệu Vinh phi (趙荣妃).
19. Trần Ung phi (陳雍妃, ? - 1586).
20. Trần Tĩnh phi (陳靜妃, ? - 1550).
21. Vương Ninh tần (王宁嫔, ? - 1542), bị xử lăng trì cùng Tào Đoan phi.
22. Vương Dụ tần (王裕嫔).
23. Tống Lệ tần (宋丽嫔).
24. Dư Vinh tần (余榮嬪).
25. Quách Ninh tần (郭寧嬪).

Hậu duệ

Hoàng tử

Hoàng nữ